Snake consigue detonar la planta y escapa junto a EVA en una moto, pero Volgin sobrevive dentro del Shagohod. Comienza una persecución frenética hasta llegar a un puente donde Snake, por fin, logra destruir el Shagohod y Volgin muere alcanzado por un rayo.

Todo parece terminado, pero la selva no perdona. EVA cae herida y deben escapar hasta llegar a un lago donde The Boss los espera. Allí, Snake enfrenta la verdad más dura:
The Boss le pide que la elimine.

Ella lucha por un mundo unido, sin divisiones; por eso aceptó la misión de infiltrarse fingiendo su traición. Su sacrificio era necesario para evitar la guerra. Snake, entre dudas y dolor, se ve obligado a enfrentarse a su maestra. El combate final es tan hermoso como trágico. Snake vence… pero no celebra.

Al escapar, Ocelot aparece una última vez en un duelo clásico entre pistolas. Sin importar quién gane, respeta a Snake y se marcha.

Snake y EVA vuelven a Estados Unidos. Pero esa noche, EVA desaparece y le deja un mensaje:
The Boss nunca traicionó a su país. Todo fue una misión secreta.

Snake, devastado, recibe el título de Big Boss, pero no lo quiere. Va a la tumba de The Boss, deja su arma favorita —el Patriot— y le rinde un último saludo mientras llora. Descubre que, en realidad, la mayor heroína de la guerra siempre fue ella.

Metal Gear Solid 3 cierra con un mensaje poderoso:
A veces, incluso los mejores soldados son solo piezas en un juego más grande.