Snake vuelve al mismo territorio, ahora más peligroso que nunca. Solo armado con un cuchillo, avanza hasta encontrarse con una misteriosa informante: EVA, quien lo ayuda a infiltrarse disfrazado de científico para llegar al nuevo escondite de Sokolov. Pero antes deberá enfrentarse a los inolvidables miembros de los Cobras, cada uno con combates épicos:

• The Pain, maestro de los avispones.
• The Fear, experto en venenos y camuflaje.
• The End, uno de los mejores francotiradores de la historia.
• The Fury, un astronauta convertido en pirómano letal.

Tras superar cada desafío, Snake llega a la fortaleza de Groznyj Grad, roba el uniforme del guardia Raikov y localiza por fin a Sokolov. Pero Volgin lo descubre, lo captura y lo tortura brutalmente. En medio del caos, Ocelot sospecha de EVA y, al intentar dispararle, hiere accidentalmente a Snake en el ojo.

Snake escapa por las alcantarillas, sobrevive a una emboscada de la unidad Ocelot, y experimenta un encuentro espiritual con The Sorrow mientras lucha entre la vida y la muerte. EVA lo rescata y le entrega explosivos C3 para destruir el arma que podría cambiar el equilibrio mundial: el Shagohod, un tanque capaz de lanzar misiles nucleares desde cualquier terreno.

Pero antes de hacerlo explotar, Snake es interceptado por Volgin, The Boss y Ocelot. EVA es capturada y descubren que es una espía. Volgin revela tener el Legado de los Filósofos, un fondo de dinero gigantesco que podría darle poder total sobre la URSS. La tensión sube… y Snake debe huir para seguir luchando.